Estas presentan características similares a las de la Primera Región. Así, en las planicies altiplánicas se encuentran la vicuña, guanaco, zorro chilla, zorro culpeo y la vizcacha, y aves como el ñandú y la perdiz de la puna.
Cercanos a los cuerpos de aguas se concentran aves como: flamenco de James, flamenco chileno, flamenco andino o parina, gaviota andina, chorlo de la puna, pato juarjual y el aguilucho. Mientras que en San Pedro de Atacama se pueden apreciar al halcón perdiguero, chercán, chincol, tórtola y algunos mamíferos como el zorro gris y el lauchón orejudo. También existen numerosas especies de reptiles, anfibios e insectos.
Ocasionalmente, se pueden observar algunas especies vegetales como el cachiyuyo, calpiches, cadillo y grama. Pero al avanzar hacia la Tercera región se comienzan a ver especies propias del desierto florido, tales como los suspiros, el cacho de cabra y la añañuca.
